《超能火车侠3》讲述了火车侠们在火车大陆上的冒险故事。在风景各异的光之地、山之地、水之地和风之地，火车侠嘟宝、妙妙、阿福、威利等与小精灵们共同守护家园，与以X教授为首的捣蛋派斗智斗勇。X教授及其手下八方、道斯和天霸，总试图偷走能量球，以实现统治火车大陆的野心。他们时而利用隐身衣制造混乱，时而用泡泡机控制火车侠，甚至企图通过复制车厢增加能量球数量，但每次都以失败告终。火车侠们则凭借智慧和勇气，一次次
